המרכז הלאומי להשתלות מרכז היום פעילות חלוצה של השתלת מעי דק. השתלת מעי דק מצילה את חייהם של אנשים שהמעי שלהם חדל לתפקד והם תלויים לחלוטין בהזנה תוך ורידית (TPN). ההשתלה מצילה את חייהם ומביאה לשיפור עצום באיכות חייהם. רבים מהם חוזרים לאכול כרגיל, נהנים מאוכל ומנהלים חיים תקינים. ובמספרים - שיעור הישרדות לאחר הניתוח בשנה הראשונה מגיע ל-80%, כאשר ככ-80% מהם הפסיקו לחלוטין את ההזנה התוך ורידית ורבים מהם חוזרים להרגלי אכילה תקינים.
התוכנית להשתלת מעי כבר אושרה על ידי ועדת ההיגוי של המרכז הלאומי להשתלות. מתאמות ההשתלה בבתי החולים עברו לצורך כך הכשרה מקצועית לאיתור תורמים פוטנציאליים המתאימים לתרומת מעי. בישראל בוצעה השתלה ראשונה, ובינתיים יחידה, של מעי דק בשנת 2014, בבית החולים בילינסון, בעולם מתבצעות כ-80 השתלות מדי שנה. שכלול שיטות הניתוח והשיפור בתרופות מונעות הדחייה, מביא לגידול במספר ההשתלות ולשיפור ניכר בתוצאות.